Deskripsi：Musim kedua terdiri dari 13 episode, ditayangkan pada hari Minggu, 27 Mei 2012 pukul 19.00 di TV3. Di musim ini, BoBoiBoy memulai babak baru dalam hidupnya saat ia pindah ke Pulau Rintis untuk bersatu kembali dengan Tok Aba Bin Abah Kau, Gopal, Ying, dan Yaya. Cerita di musim ini terutama berpusat pada kehidupan BoBoiBoy dan teman-temannya di Sekolah Rendah Pulau Rintis. BoBoiBoy juga menghadapi penantang baru, Fang, di sekolah barunya. Fang atau Mystery Boy pertama kali diperkenalkan di Musim 1 pada episode Final yang Diperpanjang. Di akhir Musim 2, teman-teman BoBoiBoy bersama Fang melawan alien super kuat bernama Ejo Jo yang mengambil semua jam tangan kekuatan kecuali milik Fang dan BoBoiBoy, dan untuk mengalahkannya, Fang menggunakan kekuatan penuhnya.