Deskripsi：Musim ketiga terdiri dari 26 episode, yang awalnya ditayangkan dari Agustus 2013 hingga Juni 2016. Di musim ini, BoBoiBoy mengalahkan Ejo Jo, dan Adu Du bin Abu Seman menjadi teman BoBoiBoy tetapi ia kembali jahat karena ibunya. BoBoiBoy juga mendapatkan kekuatan elemen Api dan Air yang baru. Ini adalah musim pertama di mana episode baru akan diunggah ke YouTube sebelum ditayangkan perdana di TV. Ini juga merupakan musim pertama yang mengganti lagu tema, mengganti "BoBoiBoy Superhero Kita" (Inggris: BoBoiBoy, Our Superhero!) dengan "Jagalah Bumi" oleh Kotak.